tags: - Free

BamTools

BamTools tarjoaa sekä ohjelmoijan API:n että loppukäyttäjän työkalupaketin BAM-tiedostojen käsittelyyn.

BamTools
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin MIT-lisenssillä

Saatavuus

Puhti: 2.5.2
Chipster graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Puhtilla BamTools voidaan ottaa käyttöön osana biokit-moduulikokoelmaa:

module load biokit

Biokit-moduuli määrittää joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja. Huomaa kuitenkin, että Puhtilla on muita bioinformatiikan työkaluja, joilla on erillisiä asetuskomentoja.

BamToolsin syntaksi on:

bamtools COMMAND ARGUMENTS

Saatavilla olevat bamtools-komennot:

convert Muuntaa BAM:in ja useiden muiden formaattien välillä
count Tulostaa kohdistusten lukumäärän BAM-tiedostossa
coverage Tulostaa peitto-tilastot syötteenä olevasta BAM-tiedostosta
filter Suodattaa BAM-tiedostoja käyttäjän määrittelemien kriteerien mukaan
header Tulostaa BAM-otsikkotiedot
index Luo indeksi BAM-tiedostolle
merge Yhdistää useita BAM-tiedostoja yhdeksi tiedostoksi
random Valitsee satunnaisia kohdistuksia olemassa olevista BAM-tiedostoista, tarkoitettu enemmän testaustyökaluiksi.
resolve Ratkaisee parittain luetut kohdistukset (merkitsee IsProperPair-lipun tarpeen mukaan)
revert Poistaa kaksoiskappaleiden merkit ja palauttaa alkuperäiset emäslaadut
sort Lajittelee BAM-tiedoston tiettyjen kriteerien mukaan
split Jakaa BAM-tiedoston käyttäjän määrittelemän ominaisuuden perusteella, luoden uuden BAM-tulostetiedoston jokaiselle löydetylle arvolle
stats Tulostaa perustilastoja syötteenä olevista BAM-tiedostoista

Lisätietoja tietystä komennosta saa suorittamalla käskyn:

bamtools help COMMAND

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Lisätietoja BamToolsista löytyy BamToolsin kotisivulta.