Jupyter

Jupyter-interaktiivinen sovellus käynnistää Jupyter-laskentavihkon IPython ytimellä, joka on saavutettavissa superkoneen verkkoliittymän kautta.

Sovelluksen käynnistyslomakkeessa voit määrittää Python-ympäristön, Jupyter-käyttöliittymätyypin (Jupyter Notebook tai JupyterLab), työskentelyhakemiston sekä joitakin lisäasetuksia.

Lisätietoja työskentelystä eri Python-ympäristöjen kanssa Puhtissa ja Mahtissa löydät meidän Python-sovellussivulta ja Pythonin käyttöoppaasta. Huomaa, että kaikki Python-sovellussivulla listatut moduulit eivät välttämättä toimi Jupyter-interaktiivisen sovelluksen kanssa. Lisäksi Python-pakettien asennus toimii eri tavoin kuin käyttöoppaan yleisohjeissa.

Tällä hetkellä tuetut Python-ympäristöt

geoconda
python-data
pytorch
qiskit
tensorflow

Installing packages

On mahdollista asentaa Python-paketteja pip-komennolla Jupyterin interaktiivisen istunnon sisällä. Tätä varten sinun on otettava käyttöön joko User packages tai Virtual environment -vaihtoehto kohdassa Additional packages ja annettava toivottu asennuspolku ennen istunnon aloittamista. Nämä vaihtoehdot näkyvät, kun Enable advanced settings -asetus otetaan käyttöön lomakkeen lopussa.

Jos et määrittele asennuspolkua, paketit asennetaan kansioon $HOME/.local/lib. Kuitenkaan tämä ei ole suositeltavaa, sillä kotihakemiston tallennuskiintiö on rajallinen.

Jupyter additional packages settings

Asentaaksesi paketit määriteltyyn käyttäjäpakettihakemistoon, käytä seuraavaa komentoa vihkossa:

import sys 
!{sys.executable} -m pip install --user <package>

Paketin asentaminen virtuaaliseen ympäristöön onnistuu komennolla:
!{sys.executable} -m pip install <package>

On suositeltavaa käyttää joko virtuaalista ympäristöä tai määrittää Pythonin käyttäjäpakettien polku hakemistoon /scratch tai /projappl, jos tarvitset pakettien asennusta.

Customizing the environment

Mukautettuja Python-ympäristöjä voidaan luoda perustuen Python-moduuleihin tai järjestelmään asennettuun Pythoniin. Asetukset Python-ympäristön mukauttamiseen löytyvät sovelluksen lomakkeen lisäasetuksista.

Käyttääksesi moduulin Python-asennusta, joka ei ole sovelluslomakkeessa tarjottu vaihtoehto, voit valita Custom module ja syöttää omat moduulisi Custom Python module -kenttään lomakkeessa. Jos Custom Python module -kenttä jätetään tyhjäksi, käytetään järjestelmän Pythonia. Huomaa, että tämä vaatii virtuaalisten ympäristöjen käyttöä.

Tykky installations

Käyttääksesi Tykky-asennusta Jupyterin kanssa, ensin lisää Jupyter-paketit Tykky-asennukseesi. Avaa sitten Puhti tai Mahti verkko-rajapinta ja siirry Jupyter-sovellussivulle. Lomakkeessa valitse Custom path Python-valikosta. Syötä sitten Tykky-asennuksen Python-tulkinnan täydellinen polku. Jos loit asennuksen komennolla conda-containerize new --prefix=/scratch/proj/myInst env.yml, polku, joka syötetään, olisi /scratch/proj/myInst/bin/python.

Custom path selected in the menu

Virtual environment

Voit luoda virtuaalisen ympäristön ottamalla käyttöön Virtual environment -valinnan sovelluslomakkeessa, kuten nähtiin pakettien asennusosiossa, ja ilmoittamalla toivotun virtuaalisen ympäristön polun Virtual environment path -kentässä. Polku tulisi olla joko /scratch tai /projappl. Esimerkiksi, /scratch/<project>/<username>/<venv>.

Voit myös luoda virtuaalisen ympäristön terminaalisi avulla siirtymällä joko /scratch tai /projappl-kansioon ja sitten luoda ympäristön komennolla:
python -m venv --system-site-packages <venv>
Varmista, että lataat moduulin, jota aiot käyttää ennen virtuaalisen ympäristön luomista.

Käynnistääksesi luodun virtuaalisen ympäristön myöhemmin sinun on valittava sama Python-moduuli ja annettava sama virtuaalisen ympäristön polku kuin ympäristön luomisessa. Jupyterissa voit tarkistaa parhaillaan käytössä olevan virtuaalisen ympäristön ajamalla komennon !echo $VIRTUAL_ENV vihkossasi.

Asentaaksesi paketteja virtuaaliseen ympäristöösi voit ajaa komennon !{sys.executable} -m pip install <package> Jupyter-vihkossasi. Virtuaaliset ympäristöt eivät tällä hetkellä ole täysin eristettyjä, koska ne käyttävät ladattujen moduulien paketteja.

Useful Jupyter commands

Muista ajaa import sys ensin.

Toiminnallisuus	Komento
Asenna paketti käyttäjähakemistoon	`!{sys.executable} -m pip install --user <package>`
Asenna paketti virtuaaliympäristöön	`!{sys.executable} -m pip install <package>`
Tarkista nykyinen venv	`!echo $VIRTUAL_ENV`