Auto-apptainer
Auto-apptainer on apuväline, jota voidaan käyttää ohjelmistojen lisäämiseen SD Desktop -virtuaalikoneeseen. Se hyödyntää Apptainer-pohjaisia ohjelmistokontteja sisältävää kirjastoa, jonka CSC on esiladannut. Voit ehdottaa konttia lisättäväksi kirjastoon.
Auto-apptainer ei ole käytettävissä oletuksena, vaan sinun täytyy ensin asentaa se käyttämällä SD-ohjelmiston asentajaa
Tämän jälkeen voit käynnistää työkalun komennolla:
Oletuksena tämä listaa kaikki auto-apptainerille saatavilla olevat Apptainer-paketit. Listalta voit valita asennettavan paketin.
Vaihtoehtoisesti voit lisätä suodatuskriteerin komentoon. Tässä tapauksessa listataan vain ne kontit, joiden nimi tai jokin konttien tarjoamista komennoista täsmää hakukriteerien kanssa.
Esimerkiksi komento:
pyytää käyttäjää valitsemaan kahdesta kontista: bamtools ja bedtools. Bedtools sisältyy, koska se tarjoaa komennot bamToBed ja bamToFasta, jotka täsmäävät hakukriteereihin tässä tapauksessa.
Kun kontti on valittu, yksi tai useampi Apptainer-käärinpohjainen komento luodaan hakemistoon: /shared-directory/sd-tools/bin.
Näitä komentoja voidaan yleensä käyttää kuin natiiveja asennettuja komentoja. Esimerkiksi Bamtools-kontin asentamisen jälkeen,
Bamtools voidaan käynnistää komennolla:
Alta löydät listan ohjelmistoista, jotka voidaan asentaa auto-apptainerilla. Lista voi olla vanhentunut. Voit saada ajan tasalla olevan listan suorittamalla komennon auto-apptainer SD Desktopissa.
- bamtools_2.5.2--hd03093a_1
- bcftools_1.20
- bedtools_2.31.0
- bwa_0.7.17
- deepvariant_1.5.0
- finnish-nertag
- hisat2_2.2.1--h87f3376_5
- python3-for-medimaging
- regenie_3.0.1
- samtools_1.17-2023-06
- seqtk_v1.3-1-deb_cv1
- stringtie_2.2.0--ha025227_1
- taguette
- vcftools_v0.1.16-1
- vsearch_2.23.0--h6a68c12_0
- weeder_2.0--h9f5acd7_7