Podmanin käyttö SD Desktopissa
Huomio
Podman ei ole tällä hetkellä saatavilla.
Podman -konttien hallintajärjestelmä on saatavilla Ubuntu 22 -pohjaisissa SD Desktop -virtuaalikoneissa. Podman pystyy käyttämään Docker-kontteja, ja siksi sitä voidaan käyttää korvaamaan Docker SD Desktop -työnkuluissa.
Koska SD Desktopilla ei ole pääsyä ohjelmistokonttien arkistoihin, sinun on tallennettava haluamasi kontti Docker-arkistotiedostoon jossakin muussa ympäristössä, jossa sinulla on Podman tai Docker. Tämä tiedosto on sitten tuotava SD Desktopiin SD Connectin kautta.
Esimerkiksi käyttääkseen Trimmomatic-ohjelmistoa CSC-projektin project_2000123 SD Desktopissa, voit käyttää seuraavaa menettelyä.
Linux-palvelimella, jossa Docker on käytettävissä, luo Docker-konttitiedosto, joka sisältää Trimmomaticin. Tämä voidaan tehdä komennoilla:
sudo docker pull staphb/trimmomatic:latest
sudo docker images
sudo docker save -o trimmomatic.docker 932a84b67790
Tässä viimeinen komento käyttää konttitunnusta (932a84b67790), joka tarkistettiin docker images -komennolla.
Docker-tiedosto täytyy ladata SD Connectiin, josta se voidaan kopioida SD Desktop -virtuaalikoneeseen. Tässä esimerkissä Docker-tiedosto trimmomatic.docker ladataan SD Connectiin a-put -komennolla:
Yllä oleva komento salaa tiedot (--sdx) ja tallentaa ne SD Connect -säilöön 2000123_docker.
Kopion käyttöön ottamiseksi avaa tai päivitä Data Gateway -yhteys SD Desktop -virtuaalikoneessasi. Avaa sitten pääteikkuna ja kopioi Docker-tiedosto virtuaalikoneesi paikalliselle levylle. Nyt voit ladata Docker-kontin Podman-ympäristöösi.
Trimmomatic-kontin tapauksessa kontti voidaan tuoda seuraavilla komennoilla:
cp Projects/SD-Connect/project_2000123/2000123_docker/trimmomatic.docker ./
podman image load -i trimmomatic.docker
podman image list
podman image tag 932a84b67790 trimmomatic
SD Desktopissa sinun tulee aina lisätä määrittely --cgroup-manager cgroupfs, kun suoritat Podman-konttia. Esimerkiksi käyttäissäsi tuodun konttia Trimmomatic-suodatukseen tiedostolle /media/volume/rawdata.fastq, tämä voitaisiin tehdä komennolla:
podman --cgroup-manager cgroupfs run -v /media/volume:/media/volume trimmomatic:latest trimmomatic SE /media/volume/rawdata.fastq /media/volume/flitered.fastq MINLEN:100
Yllä olevassa komennossa komennon ensimmäinen osa on varsinainen podman-komento, joka määrittelee Podman-operaation (run) ja paikallisten ja konttiympäristöjen välisen liitoksen (-v).
Komennon loppuosa määrittelee varsinaisen trimmomatic-analyysikomennon: